公司之间代收代付业务是否合法视具体情况的。若是通过银行业金融机构或取得相关证书且符合自治的的支付机构进行代收代付的，那是合法的；若是通过非法机构进行代收代付的，是不合法的。
代收代付业务是指各商业银行利用自身的结算便利，接受客户的委托代为办理指定款项的收付事宜的业务。代收代付业务是指，利用自身结算便利，代客户办理指定资金收付业务。费用由中介公司或第三方代收代付。收付业务类型如下：
1、代收代缴资金；
2、代收代付款项；
3、托管福利账户；
4、代收代缴水电费；
5、代收代付证券资金；
6、收取和支付其他约定的资金。
【法律依据】
《中华人民共和国商业银行法》
第三条商业银行可以经营下列部分或者全部业务：
（一）吸收公众存款；
（二）发放短期、中期和长期贷款；
（三）办理国内外结算；
（四）承兑与贴现；
（五）发行金融债券；
（六）代理发行、代理兑付、承销债券；
（七）买卖债券、金融债券；
（八）从事同业拆借；
（九）买卖、代理买卖外汇；
（十）从事银行卡业务；
（十一）提供信用证服务及担保；
（十二）代理收付款项及代理保险业务；
（十三）提供保管箱服务；
（十四）经银行业监督管理机构批准的其他业务。
经营范围由商业银行章程规定，报银行业监督管理机构批准。商业银行经中国人民银行批准，可以经营结汇、售汇业务。